نرم افزار Beacon Designer 8.14 به جرات قوی ترین برنامه در زمینه طراحی پرایمر و پروب برای تکنیک Real Time PCR است. این برنامه توانایی طراحی انواع و اقسام پروب مانند Molecular Beacon، FRET، Scorpin و TaqMan را دارد. همچنین توانایی طراحی پرایمرها بصورت اگزون جانکشن و یا اگزون اینترون اسپنینگ از دیگر قابلیت های این برنامه است. بعلاوه طراحی پرایمر برای مطالعات HRM از دیگر عملکردهای این برنامه است.

MLPA یا Multiplex ligation-dependent probe amplification در حقیقت گلد استاندارد در زمینه تشخیص بیماری های ژنتیکی است که در اثر کم یا زیاد شدن کپی نامبر یک ژن ایجاد می شوند. این تکنیک معادل مولتی پلکس PCR می باشد با این تفاوت که تنها با یک جفت پرایمر چندین هدف شناسایی و تکثیر می شود. نرم افزار MLPA® Designer دیگر محصول شرکت Premier Biosoft است که وظیفه طراحی پرایمر جهت این تکنیک را با کیفیت و دقت بالا بر عهده دارد.

برنامه Array Designer 4.43 دیگر محصول شرکت مشهور Premier Biosoft است. این برنامه قدرتمند مختص طراحی پروب و پرایمر برای تکنیک microarray است. از دیگر قابلیت های آن طراحی پرایمر برای تشخیص SNP، طراحی پرایمر های Tiling برای پوشش دادن یک ناحیه خیلی بزرگ از ژنوم و یا تعیین توالی کل آن.

نرم افزار SimVector یکی دیگر از محصولات شرکت Premier Biosoft آمریکا است که بسیار شناخته شده است. این نرم افزار همانطور که از اسمش پیداست، برنامه حرفه ای آنالیز وکتور ها (پلاسمیدها)، In-silico کلونینگ ، Gateway Cloning، آنالیز آنزیم های محدود کننده، TA کلونینگ و ... است. تصاویر خروجی از این برنامه کاملاً کیفیت لازم برای ارسال ثبت آنها در مقالات را دارند.

نرم افزار Xpression Primer 3.11 یکی دیگر از محصولات کمپانی Premier Biosoft است که وظیفه طراحی پرایمرهای دارای تگ های مختلف برای کارهایی نظیر کلونینگ را برعهده دارد. این تگ ها میتوانند شامل تگ های کلونینگ مانند جایگاه های آنزیم محدود کننده تا جایگاه های att در روش Gateway Cloning باشند. تگ های خالص سازی نیز شامل آنها می شوند. همچنین این برنامه توانایی طراحی پرایمرهایی جهت تولید پروتئین های فیوژن بدون به هم خوردن Reading Frame قسمت های مختلف دارا می باشد که بسیار قابلیت پرکاربردی است.

Loop-mediated isothermal amplification یا همان LAMP یکی از تکنیک های بسیار جذاب و کاربردی در آینده خواهد بود. با استفاده از این تکنیک محقق می تواند بدون نیاز به دستگاه ترمال سایکلر واکنش PCR را در یک تیوب انجام دهد. این تکنیک برای عملکرد نیاز به انواع خاصی از پرایمر دارد که دارای پیچدگی های خاصی هستند. این نرم افزار توانایی طراحی set های مختلف پرایمر برای این تکنیک را دارد.

برنامه آلل ای دی محصول شرکت معتبر Premier Biosoft از آمریکا است. این کمپانی در هر دو حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس بخوبی فعالیت می کند. در حوزه ژنومیکس این کمپانی دارای 9 نرم افزار کاربردی است که برنامه AlleleID گل سرسبد همه آنها و میتوان گفت عصاره ای کامل از اکثر آنها است.

نرم افزار Primer Premier یکی از قدیمی ترین و معروف ترین نرم افزارهای ژنومیکس در دنیا است. بخصوص نسخه 5 این برنامه از شهرت خاصی برخوردار است. در حال حاضر شرکت زیست آروین آخرین نسخه از این برنامه را به علاقه مندان ارائه می دهد.