نرم افزار SimMet® 2.00 از جدیدترین نرم افزارهای شرکت Premier Biosoft است که کار اصلی آن آنالیز دیتاهای LC-MS مربوط به متابولیت های سلولی است. این نرم افزار قابلیت آنالیز دیتاها را بصورت batch فایل دارد و در نتیجه میتواند حجم زیادی از اطلاعات MS مربوط به متابولیت ها را به راحتی آنالیز نماید.

نرم افزار SimLipid® 5.00 برترین نرم افزار high throughput برای شناسایی لیپیدها بوسیله آنالیز داده های MS است. این برنامه با مقایسه طیف بدست آمده از دستگاه MS با داده های موجود در دیتابیس خود نرم افزار و همچنین ساختارهای داده شده توسط کاربر، ساختار لیپیدهای موجود در طیف را پیش بینی می نماید.

برنامه SimGlycan® 5.41 ابزار دست متخصصان جهت آنالیز طیف های MS حاصل از زنجیره های گلیکان موجود سیستم های زیستی است. این برنامه هر دو مجموعه گلیکولیپیدها و گلیکوپپتیدها را حمایت میکند. قابلیت پیشگویی این برنامه براساس اطلاعات بدست آمده از طیف مورد نظر نزدیکترین ساختار گلیکان را پیشنهاد میکند.

ProteoIQ® 2.80 نرم افزار احتصاصی برای آنالیز دیتاهای mass spectrometry حاصل از پروتئین ها است. این نرم افزار دارای قابلیت جستجو دیتابیس برای پیدا کردن پیک های همخوان با طیف های مورد آنالیز است. نرم افزار ProteoIQ دارای قابلیت آنالیز دیتاهای کمی حاصل از آزمایش های label free، isotopic و isobaric است.

تکنیک MALDI-IMS یکی از جدیدترین و پیشرفته ترین روش های تصویر برداری از بافت ها در مقیاس مولکولی است. این روش تصویر برداری محققان را از لیبل کردن بخش های مختلف یک بافت بوسیله آنتی بادی ها و یا رنگ ها فلورسانس بی نیاز میکند. همچنین تصویر برداری 3 بعدی از نمونه مورد نظر از دیگر ویژگی های این تکنیک است. همچنین از این تکنیک بسیار در پروسه های Drug Profiling یا متابولیت پروفایلینگ استفاده می شود. برای استفاده از توانایی های این تکنیک احتیاج به نرم افزار آنالیز بسیار قدرتمندی است. نرم افزار MALDIVision 2.22 که جدیدترین برنامه شرکت Premier Biosoft است قدرتمندترین برنامه آنالیز تصاویر گرفته شده از بافت ها بوسیله تکنیک MALDI-IMS است. قیمت دلاری این برنامه 8900$ است.